本作冒險的舞台是以人與寶可夢共存的城市為目標,推動都市再開發的「密阿雷市」。
因旅行而造訪此地的主角,將入住名為「旅館 Z」的老舊旅館。
以這個地方做為據點,與在密阿雷市相遇的夥伴們一起挑戰城市裡發生的各種事件。
《寶可夢傳說 Z-A》的戰鬥不同於以往《寶可夢》系列裡 1 回合行動 1 次的模式,
寶可夢會和訓練家一起移動,並同時根據訓練家的指示使出招式。
除了屬性相剋之外,增添了替換寶可夢和選擇招式的時機、
招式的可達範圍以及出招速度等新的遊戲要素,可以享受前所未有的寶可夢對戰也是本作的一大樂趣。
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